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1、長期使用抗生素導致細菌產生抗藥性

雖然耐藥性因子的傳遞頻率只有1/106，但由于細菌數(shù)量大、繁殖快，在這一頻率下，仍造成抗藥菌株的擴散、蔓延，而且可以使一種細胞產生多種耐藥性。抗生素濫用導致耐藥菌株增加，而抗生素飼料添加劑長期、大量的不合理使用是其主要原因。在水產養(yǎng)殖中，一些過去并不嚴重或較少發(fā)生的細菌病，現(xiàn)已上升為水產動物的主要傳染病，這與長期濫用抗生素有直接關系。

2、長期使用抗生素導致水產動物機體免疫力下降

大量抗生素在被攝入機體后，會隨血液循環(huán)分布到各組織器官，水產動物機體的免疫能力就會被逐漸削弱。抗生素還導致抗原體質量降低，直接影響免疫過程，從而對疫苗的接種產生不良影響。

3、長期使用抗生素在水產品和環(huán)境中造成殘留

抗生素被吸收到體內后的代謝途徑多種多樣，以肝臟代謝為主，經膽汁由糞便排出體外。一些性質穩(wěn)定的抗生素被排出到環(huán)境中，從而造成環(huán)境藥物殘留。殘存的藥物通過水產品和環(huán)境蓄積于人體和其它植物中，最終以各種途徑匯集于人體，導致人體產生大量耐藥菌株，失去對某些疾病的抵抗力，或因大量蓄積而對機體產生毒害作用。